咖啡漿果必須在採摘後立刻加工處理，以防止果肉發酵和腐爛。咖啡豆的加工方式有兩種，分別是溼法和乾燥法。

　　乾燥法

　　乾燥法又稱“天然法”。將咖啡漿果平鋪在太陽底下乾燥。在種植園中，每公頃地面上平鋪50平方米的咖啡漿果，或者將果實放在特殊的乾燥器中進行乾燥。把乾燥後的咖啡漿果放入去兩個滾筒(cylinder)中分離出咖啡豆，再篩子類型的裝置把咖啡豆和內果皮分離。最後按照咖啡豆的形狀大小篩選出類似的豆子，包裝上市。最後的篩選過程中，圓豆(perla/caracolito) 會被篩選出來，單獨銷售。

　　溼法加工

　　溼法加工的咖啡豆又稱“水洗豆”。把新鮮的咖啡漿果清洗，去除果肉，再放在水中浸泡36小時使咖啡豆發酵，仍然包裹在咖啡豆上的果皮將會被剝離掉。粗略的清洗過後，將咖啡豆置於陽光下或者乾燥器中乾燥，以去掉最後的那層薄膜，這樣咖啡豆就變成“赤裸”的咖啡豆了。再根據咖啡豆的大小篩選分類，

　　以每包60千克的單位重量包裝起來。通常來說，溼法加工的咖啡豆的品質要優於乾燥法加工的咖啡豆。

　　篩選咖啡豆的過程，用像前文所描述的採摘咖啡漿果時的人工勞動進行篩選，或者機器篩選，都可以挑選出優質咖啡豆，而不會混入不成熟的或者質量不好的豆子。那些種植優質咖啡品種的國家，很早就擁有先進的設備來篩選出完美的咖啡豆。