影響咖啡風味的最重要一步，就在於烘焙方法。
影響烘焙的因素有很多，例如氣候、溼度、生豆的軟硬度及含水量。由於變量很多，烘焙的經驗，就是最重要的關鍵
咖啡生豆在未烘焙前，有一股土腥味，在經過烘焙後，就會散發出濃郁的香氣。而咖啡豆的烘焙度(roasting degree)深淺，亦會影響咖啡風味和咖啡因含量。烘焙愈淺，果酸味愈濃，咖啡因含量愈高。烘焙愈深，酸味愈淡，甘苦味會愈明顯，咖啡因含量愈低。
烘焙過程：
生豆經過攝氏二百度以上的烘焙，水分開始蒸發，體積會膨脹、重量則會減輕，烘焙愈深，重量損失愈多。
另一個現象是烘焙過程中，咖啡豆會釋放出二氧化碳，經烘焙後的熟豆仍會在三十天內繼續排氣，這樣有助於咖啡豆保持新鮮，這是因爲在排出二氧化碳時，氧分子不易入侵而破壞咖啡的風味，咖啡豆便不會氧化。若咖啡豆氧化了，風味就會很快變差，所以，用新鮮咖啡豆沖泡出來的咖啡風味特別佳。
烘焙祕訣：
祕訣一：取得最高焦糖化 - 焦糖化是影響咖啡風味重要因素，由於生豆烘焙時會吸收大量熱能，這時便出現第一次爆烈聲 (1st cracking)，此時，糖分開始轉化爲二氧化碳、水分繼續蒸發，咖啡的芳香會逐漸散發出來，並形成咖啡油脂。此熱解反應可持續到第二爆 (2nd cracking)，但在第二爆完成時，應立刻，並儘快以冷風降低豆子的溫度，這樣便可獲得最高的焦糖化。
祕訣二：最少的碳化 -在烘焙過程中，有些成分也會被碳化掉，形成出不好的苦澀物質，所以，在完成第二爆時，停止加熱便可同時把碳化減到最低了。
祕訣三：注意聲音的變化- 咖啡豆在烘焙過程會發出兩次爆裂聲響，第一爆的聲音較低沈，表示開始澱粉開始轉化成焦糖，水分也隨着二氧化碳而蒸發。第二爆裂聲較猛烈尖銳，這是咖啡豆細胞纖維斷裂的聲響，此時就應立刻停止加熱，並儘快以冷風降低豆的溫度。第一爆和第二爆的時間，可以相差很多，所以烘焙不同的豆，都要找出最適合此豆的烘焙條件。
祕訣四：注意顏色和味道的變化 - 咖啡豆顏色會隨着持續加溫，由綠色轉成淺褐色，再而呈微量出油的赤褐色，接着大量出油呈發亮的黑褐色。此時，就不可以再烘下去了，否則豆子表面的咖啡油會變幹，並會冒出大量煙及焦味。
總括來說， 咖啡烘焙是一門學問，生豆的年分、密度、硬度和含水度都會左右烘焙後的咖啡質量；就連烘焙當天的相對溼度、溫度，都不可忽視
剛剛烘焙後的咖啡豆，最好放上2-5天，讓咖啡豆裏面二氧化碳大量排出後再飲會更順口,香港咖啡會選用的單向透氣閥的鋁箔袋保存咖啡豆，可防止空氣進入造成氧化，又能讓二氧化碳排出，確保咖啡豆保持於新鮮的最佳狀況。
