咖啡屬淺根作物,用種子繁殖的植株爲圓錐根系.根系是指根的總稱.根系的形態分佈和深度陰品種/土壤條件及農業技術措施的不同而異.從品種來看,小粒種/中粒種的根較淺,大粒種的根較深.在正常情況下有一條粗而短的主根和許多發達的側根,雲南小粒種咖啡3~4年生結果樹,主根深70釐米左右.在70釐米以外的主根往往變得細長而呈吸收根形態向下伸展.主根一般不分叉,但如因挖苗時受傷,在定植後從傷口癒合處向下長出一條至二條根代替斷去的主根,從主根長出側根,呈水平生長的稱水平側根,向下生長的的稱垂直側根,從側根抽箋根分別稱二級側根,三級側根.咖啡的根系有明顯的層狀結構, 一般每隔5釐米爲一層,但大部人吸收根分佈在0~30釐米土層內,尤其分佈在15釐米以上的土層內較多,少部分分佈在30~60釐米的土層內,60~90釐米的土層中只有少量的吸收根,在表土層的吸收根粗而潔白,在30釐米以外的黃而纖弱.咖啡根秒的水平分佈幼齡期超出冠幅的15~20釐米,成齡期則在行間交錯貫穿,覆蓋或廕庇的咖啡園表土層的根特別多.土壤裸露表層根容易受灼傷,進行深耕時根扎得較深,咖啡根系的再生能力較強,在受害或被切斷後恢復很快,7天~10天內長好癒合組織,萌發許多新側根,新側根長出根行進行吸收作用,是最活躍的根系.

咖啡的莖直立,嫩莖略呈方形,綠色,木栓化後呈圓形,褐色.小料種咖啡莖節間長4~7釐米,有廕庇的確良無廕庇的節間長,過於廕庇節間長達20~30釐米.每個節上生長一對葉片,葉腋有疊生芽,在上的稱上芽,在下的稱下芽.上芽發育成一分枝,下芽發育成直生枝.上節與頂芽同時萌動.每個上芽只抽生一次,而下芽可抽生多次.在主幹頂芽受到抑制或主幹彎曲時下芽便萌發成具有主幹生長形態的直生枝,直生枝可培養成爲主幹.

咖啡主幹的生長有明顯的頂端優勢現象.靠近主幹頂部的枝條生長特別旺盛.但這種優勢隨主幹的增高而減弱.其生長量隨品種及自然氣候特點而異.小粒種咖啡幼苗主幹長出6~9對(中粒種8~12對)真葉時,便抽同第一對一分枝.定植當年,一般長出4~8對一分,第二年生長量逐漸加大,一般長7~12對,第三年可長14~15對,若管理良好,氣候適宜,可高達18~20對,同時在樹冠下部長出二分枝,開臺形成樹冠,並結少量果實,一般植後第三年是營養生長最旺/生長量最大的一年,必須加強管理,特別是水肥的供應,以形成健壯的樹冠,第四年主幹的生長減緩,節間變短,進入結果期(也有營養生長特別旺盛的,第二年大量抽分枝,第二或第三年進入結果期).若任主幹自然生長,各類咖啡可按其生長力,繼續長高.小粒種達4~6米,中粒種6~8米,大粒種可達10多米.收穫困難,產量降低可,因此控制主幹高度.小粒種採用單幹整形/去頂,使其在植後3~4年中形在圓筒形樹冠.

主幹的生長具有季節性變化,旱季生長量較小,節間短,雨季生長量較大,節間較長;冬季生長量最小,節間最短,出現密節.因此,可以根據這一生長特點,瞭解在自然生長下植株的株齡情況.